法院审理后认为，案件争议焦点为公司是否违法解除劳动合同。公司解除与秦海的劳动合同依据是秦海的行为严重违反了公司员工手册的相关规定。相关证据可以证明秦海扣拿小邓的工资卡，每月仅支付小邓5000元的事实。秦海称是向小邓借钱，却没有提供任何证据证明他与小邓间存在基础借贷关系。而小邓在调查笔录、报警材料和庭审中皆否认借贷。

公司的相关员工手册载明员工偷窃侵占员工、客户或公司财务的，属于严重违反公司价值观，情节恶劣，公司将予以解除劳动合同。法院认为，秦海的行为符合公司关于解除劳动合同的条件，公司据此解除与其的劳动合同并无不当。

最终，法院判决公司不支付秦海违法解除劳动合同的赔偿金。